STIKES Guna Bangsa Yogyakarta berada dibawah pengelolaan Yayasan Pendidikan Guna Bangsa Yogyakarta yang didirikan berdasarkan Akta Notaris Suastutiningsih A. Wijayanto, S.H. Nomor 45 tanggal 14 Nopember 2008.
Jika dianggap perlu, maka tempat-tempat lain di dalam maupun di luar wilayah Negara Republik Indonesia dapat didirikan cabang-cabang atau kantor-kantor perwakilan.
Nama dan Kedudukan Yayasan
Sesuai dengan Akta tersebut diatas, Yayasan ini bernama Yayasan Pendidikan Guna Bangsa Yogyakarta. Yayasan ini berkedudukan di Sleman dan untuk pertama kalinya akan berkantor di Perumahan Bumi Seturan Permai 1 Nomor C1 Seturan, Desa Caturtunggal, Kecamatan Depok, Kabupaten Sleman, Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta.Jika dianggap perlu, maka tempat-tempat lain di dalam maupun di luar wilayah Negara Republik Indonesia dapat didirikan cabang-cabang atau kantor-kantor perwakilan.